差分

fwrite(3)の方は、ユーザ空間で動作していて、さらに入出力を効率的にするためのバッファを用いています。バッファはファイルポインタFILE *stream が保持しています。/usr/include/libio.hの構造体である [http://uc2.h2np.net/misc/codes/libio.h.html#N245 struct _IO_FILE ] を見てみるとわかります。ですからfwrite(3)を呼び出したからといって、その先のファイル（あるいは書き出す実体）へ書き込んでいるとは限りません。